Les Canadiens et Canadiennes s'attendent à ce que leurs gouvernements et leurs institutions publiques suivent des normes élevées d'efficacité et d'efficience. Le Musée des beaux-arts du Canada s'engage à satisfaire ces attentes en s'acquittant de son mandat selon les meilleures méthodes de régie des sociétés et en rendant pleinement compte de l'emploi des fonds publics qui lui sont confiés.
Aux termes de la Loi sur les musées, le Musée est géré par un conseil d'administration qui rend des comptes au Parlement par l'entremise de la ministre du Patrimoine canadien et des Langues officielles. Les onze membres du Conseil, qui représentent toutes les régions du pays, sont nommés par le gouverneur en conseil sur l'avis de la ministre. Le Conseil d'administration du Musée a la responsabilité au premier chef de veiller à ce que les crédits parlementaires qui sont accordés à l'institution soient utilisés de façon optimale pour la réalisation de son mandat. En outre, il assure l'orientation stratégique de l'établissement, supervise la conduite de ses activités et fait en sorte que l'attention voulue soit accordée à toutes les questions d’importance.
Le Conseil compte sur l'aide de six comités : le comité exécutif, le comité des acquisitions, le comité de la vérification et des finances, le comité de la gouvernance et des candidatures, le comité des ressources humaines et le comité de l’avancement et des programmes.
Le Conseil d'administration se réunit tous les trimestres, une fois à l'extérieur de la région de la capitale nationale. De fréquentes conférences téléphoniques s'ajoutent à ces réunions. Le Conseil d'administration confie au directeur du Musée le soin de voir au bon fonctionnement quotidien de l'institution. Le directeur est appuyé par trois sous-directeurs et quatre directeurs de services.